يقع جامع الرفاعي بالقرب من قلعة صلاح الدين الأيوبي التاريخية في حي الخليفة إلى الجنوب من العاصمة القاهرة، وينسب إلى الإمام أحمد الرفاعي الذي ولد في الحجاز وانتقل إلى العراق ومنها إلى مصر. ومن بين مساجد القاهرة التاريخية، يعد مسجد الرفاعي أيقونة معمارية خالدة، بفضل التفاصيل الدقيقة في الزخارف والنقوش على الجدران الخارجية والأسقف والقبب، والأعمدة العملاقة عند بوابته الخارجية.
وبحسب وزارة السياحة والآثار المصرية، كان موقع المسجد يعرف قديمًا باسم «زاوية الرفاعي»، وكان مدفنًا للشيخ علي أبي شباك الرفاعي، ولكن بعد إنشاء المسجد الحالي سمي باسم جده الشيخ أحمد الرفاعي.
وجاء إنشاء المسجد في القرن الـ19 ليضاهي جامع السلطان حسن المملوكي الذي يقع أمامه مباشرة ويرجع بناؤه إلى القرن الـ14 الميلادي، ويشهد الجامع الاحتفال بمولد الرفاعي سنويًا رغم أنه مدفون بالعراق.
عام 1869، اشترت خوشيار هانم والدة الخديوي إسماعيل «زاوية الرفاعي» والمنطقة المحيطة بها لسبب غير معلوم، وفيما بعد أصبحت المنطقة مثوى لرفات كثير من أبناء أسرة محمد علي، وآخرهم الملك فاروق.
وأوكلت خوشيار هانم إلى المهندس حسين باشا فهمي إنشاء جامع كبير في تلك المنطقة، وعندما توفيت عام 1885 توقف البناء لمدة 25 عامًا حتى أمر الخديوي عباس حلمي الثاني باستئناف البناء وافتُتح عام 1912.